引子設計

聚合酵素連鎖反應 ( PCR )已成為生物學研究必備之工具 ,因此如何由已知的序列設計 PCR 引子也成為一個經常碰到的問題。SeqWeb 中所提供的程式,可在給定的條件,例如選取的引子長度,要擴增的片段長度與範圍等,找到最恰當之引子。即使找不到,使用者仍可調整一些條件,例如兩個引子間的Tm差,引子中GC之比例、或鹽的濃度等因子來尋找引子。

需用檔案

GCG格式之DNA序列,練習序列「tfiii.dna」可由「binfo.ym.edu.tw」的「/post/seq/」子目錄以anonymous FTP的方式下載

需用程式

SeqWeb下之Prime程式

方法步驟

  1. 以瀏覽器連線至「http://gcg.nhri.org.tw:8002/gcg-bin/seqweb.cgi
  2. 在左方視窗中選擇「Primer Selection
  3. 在右方視窗中選擇「Prime」程式
  4. 選擇要分析的序列,例如「tfiiia.dna
  5. 根據需要改變下列設定
  1. 調整「PCR product length」,以設定PCR產物的長度範圍
  2. 調整「Forward / Reverse strand primer extension must include position」以指定產物在給定序列中出現的範圍
  1. 視需要改變其他條件,否則接受預設值
  2. 按下方紫色視窗中的「Run」鈕

註解討論

  1. 為何序列中的歧異代號 (ambiguous code) 不會被配對?
  2. 是否可提供一系列自己設計的引子,讓程式挑出最好呢?
  3. 是否可檢查某個人為設定的引子,是否會有問題?

參考資料

http://dls.ym.edu.tw/post/gcg/prime.htm