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AceDB簡介

  AceDB ( A C. elegans database) 是一個專為整理基因圖譜 ( map ) 與序列資訊而設計的資料庫軟體,因為它能用圖形顯示複雜的基因體序列資訊,所以許多基因體分析計畫都使用它整理資料。

  它是一個公用軟體,在 " http://www.acedb.org/ "處可免費下載使用。資料庫的維護與使用 (1 ) 都是透過圖形介面,極易學習。在關聯式資料庫中表格的概念,是定義在model. wrm這個檔案中。因為在整理 C. elegans資料時,已有許多規劃存在model. wrm中,最簡單的方式就是使用現有的規劃。只要將資料整理成ace的格式 (2 ),即可直接讀入 (3 ) AceDB。在載入資料後,可更改view的設定 ( 4 ),顯示想要呈現的資料。若安裝win ace,則可利用瀏覽器直接查閱存於AceDB中的資料。若尺寸不恰當,可透過設定     ,將圖形放大或縮小 (5 )。在圖形上還建有超連結,可連到文字說明,顯示精確的座標 (6 ),甚至連到網際網路上的資料庫。

結論

  在分析像基因體序列這樣長,而且多的序列時,圖形能讓人一目瞭然。可是圖形中不易看到精確的座標,需要用文字顯現。AceDB資料庫兼具了這兩種特色,而且AceDB已為做基因體研究設計了相當好的模型 ( model. wrm ),使用者只要依ace格式寫資料,即可輕易讀入AceDB貯存。在使用上可利用X - windows或是Netscape等瀏覽器閱讀所貯存的資料。它也有個人電腦的版本,一般分子生物學實驗室只要稍加學習就可用它來貯存、整理基因體資訊。

 

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Last updated on 8/13/2001