生物資訊中心 (Bioinformatics Center)

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計畫目標

背景資料

廣義的基因體研究
基因體分析現況  

設立緣由

生物資訊之特點是它的量大,而且有用的資料是隱藏在許多雜訊之中。要如何管理與分析這大量的資訊,以加速生物與醫學研究,是後基因體世代(post-genomic era)的重要課題。如何由序列資訊中開發寶藏將是未來生技產業的決勝點,此外,未來的生物學可能會是先用序列分析評估策略,再設計實驗解決問題。國內各界已體會到生物技術將是21世紀的重要產業,而歐美各大藥廠與研究機構,爭相聘用生物資訊人才的趨勢來看,生物資訊乃是目前生物科技中非常重要而且欠缺的一環。

目前國內發展生物資訊的困境有兩個,第一是缺乏適當規模的工作團隊,第二是缺少計算資源。在沒有良好團隊的狀況下,沒有人敢增加計算資源,因為硬體進步太快,若不使用則會很快折價。可是沒有足夠的計算資源時,只能針對某一問題作個案的研究,無法由整體的角度來思考問題。例如我們可以一次研究一個疾病,也可以同時找到多個值得研究的疾病,再尋找最適合切入的病。由專業的角度看,某一疾病的專家當然能夠針對自己熟悉的疾病做深入的研究。可是對國家科技發展,或一個擁有許多不同專家的醫學中心而言,若能先知道一些容易研究的病,再找適當的專家合作來做,顯然更有效率。在生物資訊學的研究上,每次做分析時必須思考怎麼做,會打斷原有之思緒。若能一次計算出所有需要的資訊,存入資料庫,再在思考問題時查閱資料庫,將比每次需要資訊時再做計算有效率。因此建立核心實驗室,將資源作重點投資,能使生物資訊之發展跳脫惡性循環,產生催化生物科技發展之功能。

具體目標

國家高速電腦中心國家衛生院已提供部份生物資訊學之服務,但此二機構所顧及的是全面性的服務,對追求卓越的目標而言仍有不足。為補強在專業研究上之需求,追求卓越計畫將扮演關鍵性的角色。此計畫雖然無法提供所有的需求,卻已解決了上述兩大困境之一,也就是計算資源的問題。在此基礎上,本核心實驗室將致力於以下三個方向,使本校基因體學之研究進入一良性循環:

  1. 與定序基因表現和蛋白質分析等三個核心實驗室密切合作,推動下游的研究 (階段性目標)

    沒有生物資訊學,定序基因表現和蛋白質分析等三個核心實驗室的結果就無法應用,也無法發揮推動功能基因體學比較基因體學與結構基因體學研究的目的。對肝臟與老化的研究計畫而言,這三個核心實驗室應提供整體的服務,也就是取得的結果應是加值的資訊,而非序列或數值等原始數據。因此由研究計畫委託給定序基因表現和蛋白質分析等三個核心實驗室之服務,將由生物資訊核心實驗室分析後才回到各研究計畫。

  2. 積極支援生物資訊學程,培訓人才

    研究計畫所提供的人力,並非生物資訊之專業人才,其發展亦有極限。而學程則是有系統的培訓生物資訊之專業,這些人才對追求卓越的目標有協力促進的正面意義  

  3. 積極爭取研究計畫,加強全校性服務

    追求卓越計畫所提供的計算資源與人力,雖不足以建立生物資訊的專業服務,卻有助於透過研究計畫爭取人力。在建立專業服務的過程中產生的副產物,全校均可共享。只要核心實驗室有穩定的設備,校園中任何人均可用個人電腦連線使用累積的資訊。具體作法如下:

    使研究的人力,成為服務的動力

    追求卓越計畫所提供的人力,將用於維護系統之穩定。因此需要利用執行計畫的人力,建立資料庫與發展方法,才有辦法提供專業服務。而強大的計算資源,與穩定之系統亦有助於計畫的執行。研究與服務相輔相成,最有利於提高服務品質。

    使研究的準備工作,成為服務的內容

    為加速研究之效率,將建立鏡相站(例如酵母菌與小鼠研究資源)一般資料庫(例如UniGene)與加值資料庫(例如重複序列資料庫),這些資料庫對校園中的各種研究都有幫助。

    使研究成果,成為服務的內容

    例如為尋找新的基因或致病基因而發展的方法,有助於註解定序核心實驗室產生之序列。為整合基因體、EST、蛋白質等序列資訊而發展的方法,有助於分析基因表現(微陣列)核心實驗室產生之數據

 

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Last updated on 8/13/2001