生物資訊中心 (Bioinformatics Center)

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計算資源的重要

    雖然國家高速電算中心與國家衛生院提供一般性的服務，但並不對特別的需求個別服務。以尋找C. elegans中的重覆序列(參閱http://binfo.ym.edu.tw/idg/more_info/mol_medicine.htm以了解尋找重覆序列的重要性)為例，即使已利用運算法使計算時間降低為和序列長度成正比，在2 cpu (2GB RAM)的UltraSparc電腦上仍將計算約一個月。而人類基因體是C.elegans的一百倍，相同的程式必須花約八年。事實上每個月左右，電腦必須重新起動以維持正常的運作，每次重新起動執行中的工作就要重新開始，若不在程式上做特別的處理，這個工作永遠都做不完。因此需求購買大型主機，才能做整個基因體的分析。事實上這主機除做基因體分析外，也將支援分子模擬的計算。國內若沒有充份的計算資源，在生物技術上和國外的落差將逐漸加大。

    在分析基因體序列初稿或EST序列時，需利用FrameSearch等方法檢測序列中的錯誤，否則不易得到有意義的結果。在未平行化的主機上，一個1 Kb的序列約花17小時才能得到結果，可是在平行處理伺服器上只要2 分鐘，由此可見其重要性。 對使用HMM (Hidden Markov Model)計算蛋白質家族，發現蛋白質的功能言，這也是必備之工具，因此在計畫第三年將引入平行處理伺服器。

    若不談美國與歐洲，在加拿大病童醫院的基因體研究中心最近也購買一64 cpu的大型主機。在國內的需求，請參閱楊永正對高速電腦中心所做之簡報。

國外基因體研究中心的計算資源