生物資訊中心 (Bioinformatics Center)

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計算資源的重要

    雖然國家高速電算中心與國家衛生院提供一般性的服務,但並不對特別的需求個別服務。以尋找C. elegans中的重覆序列(參閱http://binfo.ym.edu.tw/idg/more_info/mol_medicine.htm以了解尋找重覆序列的重要性)為例,即使已利用運算法使計算時間降低為和序列長度成正比,在2 cpu (2GB RAM)UltraSparc電腦上仍將計算約一個月。而人類基因體是C.elegans的一百倍,相同的程式必須花約八年。事實上每個月左右,電腦必須重新起動以維持正常的運作,每次重新起動執行中的工作就要重新開始,若不在程式上做特別的處理,這個工作永遠都做不完。因此需求購買大型主機,才能做整個基因體的分析。事實上這主機除做基因體分析外,也將支援分子模擬的計算。國內若沒有充份的計算資源,在生物技術上和國外的落差將逐漸加大。

    在分析基因體序列初稿或EST序列時,需利用FrameSearch等方法檢測序列中的錯誤,否則不易得到有意義的結果。在未平行化的主機上,一個1 Kb的序列約花17小時才能得到結果,可是在平行處理伺服器上只要2 分鐘,由此可見其重要性。 對使用HMM (Hidden Markov Model)計算蛋白質家族,發現蛋白質的功能言,這也是必備之工具,因此在計畫第三年將引入平行處理伺服器。

    若不談美國與歐洲,在加拿大病童醫院的基因體研究中心最近也購買一64 cpu的大型主機。在國內的需求,請參閱楊永正對高速電腦中心所做之簡報

國外基因體研究中心的計算資源

日本東京大學的人類基因體分析中心 (> 596 cpu)
Enterprise 10000 (64 cpu/16G ram)
Cray Origin 2000 (32 cpu/8G ram + 64 cpu/16G ram + 128 cpu/24G ram)
SR2201 (256+16 cpu)
CrayT94/4128 (4 cpu/1G ram)
Cray Origin 2000 (16 cpu/4G ram/594G HD + 16 cpu/4G ram/594G HD)
加拿大病童醫院 (64 cpu)
Celera genomics (Over 600 Compaq Alpha EV6 Processors and 24G+ ram)
Sanger Center at UK (clustered network of 250 Alpha systems running Compaq software)
 

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Last updated on 8/13/2001