有關Ensembl的介紹

Ensembl是一個由.歐洲生物資訊研究機構屬下的歐洲分子生物學實驗室(EMBL-EBI)和英國的Sanger Center所共同合作發展出來的一個軟體系統。它是用於對真核生物基因體序列做自動的註解工作,產生、呈現、並維護其註解所得的結果。Ensembl將於200110月底所釋出的最新版本是1.1.3版。這計劃主要是由Wellcome Trust基金會贊助。

 

目前Ensembl只被用於人類基因體初稿的註解和呈現。它提供了90%以上的人類已知基因在基因體上的位置,預測了額外的約10,000個基因和支持這些基因存在的證據,並提供連結使它和網際網路上其他的相關資料庫能互相索引。它與美國加州大學聖塔克魯茲分校(UCSC)所提供的Genome Browser,為唯二的以網頁為基礎,提供服務的人類基因體瀏覽器(Genome browser)。

 

Ensembl有提供使用者查詢介面於其首頁,查詢方法有二,其一是借助圖一的[Browse a Chromosome],由使用者將指標指向想查詢的染色體的目的區單點滑鼠;其二是由使用者自行選擇查詢項目(如Gene, Clone, Contig, SNP, EST, Marker, Domain, Disease, GenScan,…等)、染色體、鍵入查詢區域、和關鍵字來進行查詢。

圖一、單及染色體查詢介面。

圖二、關鍵字查詢介面。

茲舉sca7為例,選擇搜尋gene項目,按下即出現圖三的畫面。

圖三、以sca7為關鍵字的查詢結果。

 

此時選擇比對到的那筆資料,以滑鼠點入即出現圖四的詳細基因說明。

圖四、Sca7基因的詳細說明。

 

這裡面除了一般的說明之外,也建立了許多對外的連結。往下看,還可以看到如圖五的基因結構資訊。

圖五、Sca7的基因序列及其結構資訊。

 

再圖五右側的圖,還可以滑鼠連結到該基因的蛋白及表現資訊,如圖六。

圖六、有關Sca7的基因表現資訊。

 

我們也可藉由單及染色體上特定地區萊查詢。如圖七。

圖七、四號染色體上某區域的查詢結果。

 

我們再選擇一個特定的區域點滑鼠進入,如圖八所示。

圖八、圖中顯示某一區域內,基因的分布。

 

我們可用Scroll按鈕左右移動想觀察的區段,也可以滑鼠單擊DNA的某個基因或區段,就可以更詳細的觀看這區域內有哪些Transcripts, ESTs, CpG islands或是預測的基因,如圖九。

圖九、更詳細的觀看某特定區域基因註解得結果。

 

Ensembl也提供了使用教學說明檔,給欲詳細了解使用方法的使用者,讀者可參照使用練習。