EMBOSS簡介

EMBOSS全名是European Molecular Biology Open Software Suite,由歐洲多個學術單位共同開發出的分子生物學程式套組,免費提供全球下載使用,且可隨意地視個人需求去做程式碼的修改。目前套組包含超過一百個程式以上,分析功能已相當完整,加上沒有分析序列的大小限制,以及具有自動辨認各種序列格式等功能,已能取代價格越來越的GCG套組,更適用於基因體層次上的分析工作。在程式操作方面,EMBOSS除了可讓使用者在命令列模式下執行程式外,更有多種網頁型式的使用者介面可供安裝使用,配合完整的使用說明文件,能大幅地降低初學者的進入門檻。

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GeneCards 簡介

 GeneCards 一個以網頁界面瀏覽的知識平台,一個人類基因及其產物和相關疾病的資料庫,可以說是人類基因的百科全書。它以人類基因名稱為索引提供基因別名,序列,蛋白質,染色體位置,相關疾病等簡要資訊及其詳細資訊的超連結。它是由以色列的 Weizmann Institute Science Genome and Bioinformatics 所發展出來的。它有完整的導覽輔助應用系統,並且有專家建議的提示,再加上拼字檢查功能,可說是一套方便好用的生物醫學資源工具。目前,GeneCards的版本已演進到 2.22 版,有 29268 個基因資料和 48 基因叢集的資訊。 在陽明大學的生物資訊中心有鏡射網站 http://genecards.ym.edu.tw/ 歡迎大家使用!

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Genome Browser 簡介

基因體序列瀏覽器(genome browser)是美國加州大學聖克魯茲分校人類基因體計畫所做的網站。網站包含其計畫所組合的基因體序列資料,基因體序列瀏覽器,BLAT 基因體序列搜尋程式。其中基因體序列瀏覽器可以瀏覽各個時期所組合的人類基因體全序列及其註解資料,提供生物學家完整的資訊進一步探索及註解人類基因組。目前人類基因組序列草稿已涵蓋90%以上完整序列,大約一半序列是高準確度的,且被視為已完成,另一半仍處於草稿狀態。此計畫所組基因體序列,已被廣泛使用,其瀏覽器方便易用。目前本實驗室已建立其鏡射網站,網址為 http://genecards.ym.edu.tw:8080/。希望藉此瀏覽器,讓研究人員更詳盡註解人類基因組。

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Gene Ontology: tool for the unification of biology

在各物種基因體序列(genomic sequence)相繼解碼之後,經生物資訊學家的註解發現,有大部分的基因在不同真核生物(eukaryotes)是擁有共同的主要生物功能(biological functions)。透過在某物種上所獲得到基因或蛋白質(shared proteins)的生物學知識,可以用來解釋在其他物種所對應到基因或蛋白質,此研究可應用在比較基因體學(compared genomics)發展上。因此有一個Gene Ontology Consortium組織為了解決這樣問題,而建立了一套具有動態(dynamic)形式的控制字彙(controlled vocabulary),來解釋真核生物的基因或蛋白質在細胞內所扮演的角色及生醫學方面的知識,同時這些字彙隨著生命科學研究的進步,一直不斷的累積與改變。一個本體(ontology)會被一個控制字彙(controlled vocabulary)來描述並給予統一的名稱,直到目前為止,在Gene Ontology下有三大獨立的本體被建立:biological process, molecular functioncellular component

 Gene ontology除了在生物詞彙上有所標準定義外(他們一直強調這不是唯一的標準,也不規定每一個研究者一定要遵循這套控制字彙系統),所謂動態(dynamic)形式的結構(structure)能夠利用DAGs(Directed Acyclic Graphs)的網狀關連(network)將每一個本體之間串接起來,然後再以樹狀分層(hierarchical tree)來呈現這些本體間的關係(如下圖)。從另外角度來看,其實這樣就是一個整合性的分類系統,一個基因或蛋白質可從三個層面來註解,首先是構成在細胞內的特定元件(cellular component),其次是此元件在分子功能上所扮演的角色(molecular function),最後生物學家一定想知道這基因或蛋白質到底參與哪些生物過程(biological process),因此有一群科學家(Gene ontology curator)試著收集各真核生物(SGD, MGI, FlyBase,..)的基因或蛋白質,利用已知的文獻資料及序列比較資訊為基礎,將所有的真核生物的基因或蛋白質都基於在此系統(Gene ontology)下作註解(annotation)與分類(classification)

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