基因體序列所記載的，不止是執行工作所需的元件，更有各元件間交互作用的關係。隱藏在這交互作用之後的，有運作時的階層性與時序性。在有了全序列之後，我們不但知道細胞中有什麼功能，也知道它沒有什麼功能。而後者經常是進步的重要因子，因為科學上的進步，是發生在打破既有的觀念或發現新的觀念上，而不是一再地顯示既有的觀念沒有錯。

基因體序列雖然記載著所有的資訊，可是在一個多細胞生物中，不同的細胞可能會表現不同的基因。在尚未能定出有哪些元件參與作用的現在，根本就談不上如何區辨基因會在哪些細胞中表現。最簡單的反而是由實驗上去決定在不同的細胞中表現了哪些 mRNA 或蛋白質，這些資訊將對我們解讀基因體序列有莫大的幫助。