有關 Genome Browser 的簡介

 

    Genome Browser 是美國加州大學聖塔克魯茲分校人類基因體計畫的產物。它是用於

展示及搜尋由該校人類基因體計畫中所組合的人類基因體序列工作草稿和序列的相關註

解。目前世界上公開的人類基因體序列草稿,除了它還有 NCBI Celera 。它所組的人類

基因體序列工作草稿已被廣泛利用,知名的 Ensembl 即利用它的人類基因體序列草稿為基

礎。目前它最新組合的人類基因體序列工作草稿是 2001 年八月的版本。

 

    Genome Browser 以網頁為基礎,目前提供的服務有新舊版本人類基因體序列草稿和其註解

的瀏覽及下載。 它的序列瀏覽介面最主要就是 Genome Browser,另外還有一個文字介面的 

Table Browser。  而 BLAT search 則是一個對人類基因體序列快速比對搜尋的軟體介面。以下,將

以圖解方式詳細介紹 Genome Browser 的各項功能。

 

圖一

  圖一

    Genome Browser 首頁部分圖。可以 Genome Brower 瀏覽各版本的人類基因體序列草稿或做 BLAT searchDownload 則可連結到下載序列及註解區域。

 

圖二

    Genome Browser 的結果顯示畫面。可以放大縮小圖形顯示區域,左右移動,放大縮小顯示序列及相關註解。
其中 position 欄位中可輸入染色體編號,序列前後位置,STS marker 編號,GenBank accession 編號等來做序列
查詢。詳細用法可按 Guide 連結至使用說明。按 Ensembl 連結則連結到 Ensembl 網站顯示這段序列, Convert 
是各版本的人類基因體序列草稿序列及位置轉換。Table 連結到 Table Browser, DNA 連結可秀出整段序列。
BLAT 則連結到 BLAT search 。 圖形中的註解顯示可展開或濃縮顯示,按展開的註解則連結到註解的詳細說明。

 

圖三

  圖三 Known Gene 的詳細說明

  當我們將按下如圖二 Genome Browser 結果中的 CRYGS 時,會顯示如左圖的詳細說明。包括網際網路上其他的相關資料庫的連結,及詳盡的序列顯示。

 

圖四

    BLAT Search 的介面。Genome Browser 中提供一個以 11 bps 為基礎為人類基因體序列草稿編索引的 Server。 我們可以此介面快速搜尋輸入的序列或以序列檔案方式查詢。

 

圖五

    Table Browser 的介面。提供使用者以文字介面快速取得序列或註解資料庫中的其他資料。