八十九年十一月八日第十五次教務會議通過
九十年五月二日第十六次教務會議修正通過
本辦法依據「國立陽明大學學程設置辦法」訂定
（一）參與生物資訊學程（以下簡稱本學程）各研究所相關組別招收之研究生。
（二）有意願參與本學程，但非經由參與學程各研究所相關組別招生入學之學生，得向本學程申請並經本學程同意，可修習本學程。
每學年所招收之新生，不超過本學程教師人數之兩倍為原則。
（一）參與本學程各研究所相關組別，分別依其招生簡章辦理招生。招收之研究生，為本學程當然學生，可選擇本學程中任一老師為指導老師，但須選一原所老師為共同指導老師。各所訂定招生簡章時，須符合以下條件：
1. 碩士班一般生招生：電腦概論一科需佔筆試總成績40%（含）以上。
2. 碩士班甄試招生：由各所於辦理招生時，分別於甄試條件中自行訂定。
（二）本學程老師於本校所收研究生中有意願參與者，申請核准後始得修習本學程。
（三）本校非本學程老師之研究生有意願參與者，需找本學程中之一位老師作為論文共同指導老師，申請核准後始得修習本學程。
（四）在學生(屬上述第二、三 項之同學)於每學期註冊前，取得本學程指導教授同意後，填妥申請表格，另備大學、研究所之成績單、指導老師介紹信、及其它有利申請之資料，向本學程負責人提出申請，經本學程教師會議同意後始得修習本學程。
（五）參加學程學生名冊，於每學年度第二學期開學後，由學程負責人送繳教務處。
(一) 本學程之研究生，除各相關研究所相關組別所訂定之必修科目之外，必修：
1. 程式設計(3學分，生物背景同學)、分子細胞生物學(2學分，非生物背景同學)、 生物資訊學特論(2學分)、生物資訊學實務(2學分)。
2. 「生物資訊學實務」課程必須在本學程教師會議所建議、或認可之國內、外生物資訊相關機構進行，施行辦法由本學程教師會議另訂之。
(二) 對於具生物學背景之研究生，須選修「演算法」(2學分)。
(三) 對於非生物背景之研究生，須選修「基因體研究技術概論」 (2學分)。
(四) 研究生每學期須選修專題討論。
(五) 研究生選定指導教授後，自第一學年下學期起須選修「進度報告」（一學分）。
(六) 本學程建議同學選修的課程包括資料庫、生物統計學、生物科技產業與管理、結構生物學(I)、遺傳學概論、生化與細胞分子生物學、…等。
（一）本學程應修學分數至少24學分(不含論文)。
（二）學生不得因修讀學程而申請延長修業年限，但法令另有規定者，從其規定。
若學生曾修習相當於本學程必修之課程，可報請本學程教師會議認定或由定位測驗（placement test）決定。可抵免之學分數無上限。
學生論文題材應與生物資訊學相關。論文指導委員會由三至五名校內外教師組成（本學程教師至少佔三分之一）。委員之聘請及更改由指導教授決定。
（一）學位候選人，應於學校行事曆規定期限內，填妥申請表格，附歷年成績單，向本學程及各相關研究所提出學位考試申請。由指導教授，本學程負責人及各相關研究所所長審核後，另檢附審查通過之該生考試委員名冊，一併交教務處辦理。
（二） 論文初稿需經指導教授初審通過。
（三）學位考試委員人數三至五人，校外委員需佔至少三分之一。由其中一位擔任召集人，指導教授不得擔任召集人。學位考試委員需具助理教授或助理研究員以上資格，並報經校方同意。
(四) 考試成績以全體出席委員所評定分數平均計算之，以一百分為滿分，七十分為及格。如有半數（含）以上委員評定不及格者，即以不及格論。
(五) 論文考試不及格者，如修業期限尚未屆滿，得申請重考一次。申請重考學生仍須於修業期限內，且學校行事曆規定期間，填寫申請書，經指導教授、各相關研究所所長、本學程負責人、教務長核可後，始得重考。重考以一次為限，仍不及格者，應令退學。
（一）經核准修習本學程學生，於規定期限內修畢學程規定之科目、學分，成績及格，修習時間需超過(含)一學年，且論文考試通過者，得依國立陽明大學之「學程設置辦法」之規定，由學校發給學程修業證明書。
（二）如有未盡事宜，悉依本校相關規定辦理。
（三）本辦法經教務會議通過後實施，修正時亦同。