唯一舉辦暑期實習的生物資訊學研究所
唯一補助同學出國實習的生物資訊學研究所
唯一接受國外同學實習的生物資訊學研究所
唯一連續五學期舉辦每週生物資訊學演講的研究所
唯一連續四年舉辦生物資訊學相關研討會或研習會的研究所
唯一負責國科會生物資訊種子教師計畫的生物資訊學研究所
唯一負責教育部生物資訊教學資源中心的生物資訊學研究所
功能生物資訊領域
例如基因體、轉錄體、蛋白質體資訊的整合,生資學在找尋「藥物標的」之應用等。
師資:楊永正老師、鄒安平老師、林照雄老師、張傳雄老師、林文昌老師
醫學生物資訊領域
例如生資學在遺傳性疾病、傳染性疾病、個人化醫療等之應用。
師資:蕭廣仁老師、蔡世峰老師、劉德明老師、林明薇老師、莊人祥老師
結構生物資訊領域
例如生資學在蛋白質工程、藥物設計等之應用。
林達顯老師、許世宜老師、廖淑惠老師、黃明經老師
系統生物資訊領域
例如嗜鹽菌、黴漿菌、靈芝等特定模型的整合性研究等。
師資:吳韋訥老師、楊永正老師、張傳雄老師
高性能電腦 (國內第一台生物資訊學專用高性能電腦)
個人電腦叢集 (國內第一次將個人電腦叢集應用於生物資訊學研究)