實習人簡介:陳琦,台大動物系畢業,現為陽明大學遺傳所博士班學生。常用程式語言為JAVA與Python,研究主題是基因體內短核酸序列之分布與生物意義。
實習單位:The Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk)
實習成果:
1. Artemis之功能擴充:(可參考http://cvsweb.sanger.ac.uk/cgi-bin/cvsweb.cgi/powmap/?cvsroot=Pathogen&only_with_tag=CHI)
針對當時的Artemis 5[beta]我加入了許多新的plots,以及對所有plots做一些功能及效率上的改進。延續在來Sanger之前所做的plots,現在新增在選單內的plots一共有十二種,另外以外掛方式計算一些相當耗時的演算法一共有三種。
其他方面的增強包括了一點效能方面的修改以及即時計算出任何plot的Standard deviation,並畫在plot上。相信這項機制對於找出alien sequence會有很大的助益。
此後我對於Artemis仍陸續有加入新的擴充,最值得一提的新功能是能直接把選定的feature送到mfold網站作DNA/RNA的二級結構預測。
2. X-bias database / interface之增強:
這部分的重點在於整合之前陸續加入資料庫的欄位,並且建立其他物種的資料。另一部份則是recovery的機制─因為突然的停電或是網路癱瘓讓我重算了好幾次。