過去常以蛋白酵素的切割來定義蛋白質中的子結構，domain，通常具特定之功能。在越來越多的蛋白質結構被解出後，可發現獨立摺疊而執行功能的motif，並不一定是一個可被蛋白酵素切割而定義的domain，例如鋅指。