綜合評論: 好用的序列分析工具

在網路上有各式各樣分析序列的工具,不過有另一類型的資源,不但收集了各種好用的工具,更為使用者建立了一個整合環境,讓使用者不必顧慮序列格式的問題,而能做各式分析。換言之,使用者並不是自行連線到各網路資源,而是將序列貼到這個網站所提供的網頁上,在做完必要的格式轉換後,再送到別的資源處做計算。這類網站,像一個發射器,替你送出計算工作;由另一角度看,也像一個工作平台,讓你能找到常用的各式工具做分析,讓使用者不必顧慮使用網路資源時瑣碎的格式轉換問題,既然可由一個網站做發射器」,來使用網路上的資源,理論上也可以在個人電腦上直接做環境整合。事實上在個人電腦上做會更方便,因為可以直接選擇序列,而不必做剪貼。在 PC 上有VectorNTI,在 MacMacVector等軟體就是朝向這方向發展的。不過目前價位仍高,使用者可根據自己使用的頻率來評估是否值得購買。目前以BCM launcherBiology workbench兩個站做的較好,而BCM launcher又最具特色,除了能直接將工作送至遠方站台執行外,還有許多自己發展的工具。例如BEAUTY(Blast)

網路上的工具雖然非常容易用,可是使用者只能根據設計者所提供的方式做分析。在做重覆性高的分析時,使用網頁型式做分析就很麻煩。有一些連續性的分析即使在Biology WorkbenchBCM launcher這樣的網站上都很不好做。例如做多序列並列分析 (multiple sequence alignment) 時,必須先將要比較的序列準備好。可是在 GCG 中可以直接指定序列的名字與要比較的範圍,而這些名字與範圍可以直接由其他的 GCG 程式產生,因此只要稍加修改就能使用。比使用網路上的軟體方便。在另一方面,有些分析在網路上根本無法做,例如讀者若想有一個自己的資料庫,在送序列到 GenBank 等資料庫比對之前,先搜尋一次自己的資料庫,那只有利用像 GCG 這樣的程式套組才能達到目的。此外,當你分析很長的序列時,在網路經常會被拒絕,而 GCG 則沒有這樣的問題。即使有時遇到長度限制的問題,亦可請 GCG 的人修改程式,或是自行修改程式

不過有一些功能或是一些新的功能,GCG 中可能沒有,例如尋找 tRNA 基因等,就必須自己引入軟體分析,若覺得太麻煩,則可利用網路資源。因為 GCG 可以處理許多在網路上不易做,或是不能做的分析,GCG 的使用也比較複雜是需要學習的。好在目前 GCG 的網頁版並沒有 GCG 中所有的功能,因為有些功能是不適合用網頁的方式執行的,需要複雜分析的人,仍需學習怎樣使用 GCG

Last updated on 11/27/01