個案分析解答 - GCG 環境下建立個人資料庫

需用檔案

GCG 格式的序列檔案

需用程式

GCG 套組中之 DataSet 程式

方法步驟

  1. 簽入UNIX 系統,並啟動GCG
  2. 仿照前述之方式,用 LookUp (參閱2.1.5) StringSearch (參閱2.2.1) 將所有與 TFIIIA 相關的 DNA 存為tfiiia.lst
  3. 在提示符號後輸入dataset,先以檔名檔方式指定要轉變為資料庫的所有序列,再指定資料庫的名稱 (例如 tf3a)
 

 

% dataset
DataSet creates a GCG data library from any set of sequences in GCG format.
Assemble DATASET from what sequence(s) ? @tfiiia.lst
What should I call the database ? tf3a
s83520 af042353 . . .
mustraf2a xelrrab
Running DBINDEX to calculate indices for "tf3a".
Running SEQCAT to make "tf3a" available for STRINGSEARCH.
HomeDir:.datasetrc was modified to assign "tf3a" and "tf3".
DATASET complete:
Sequences: 29
Total length: 146228
Output file: tf3a.seq, .header, .ref, .offset, .names, .numbers, .seqcat
  1 DataSet 程式可將給定之一群序列建為 GCG 的資料庫
  1. 程式執行完後,若在提示符號後輸入「ls 1 tf3a.*」,會出現圖 31最後一行所示的各個檔案。
  2. 若要由其他 GCG 程式中指定此資料庫,只需將資料庫名稱指定為「tf3a:*」即可。

註解討論

將序列用 DataSet 處理是否真的比使用檔名檔 (list file) 指定序列實用 ?

參考資料

[ 回原個案 | 下一題 | 分析原理 | 程式手冊 ]

Last updated on 11/23/01