個案分析 - 鋅指模組的三級結構預測 (I)

英國 MRC 研究群發現 TFIIIA 蛋白質序列中有多個以一定距離重覆出現的 CysHis,因此他們提出了「鋅指」模組的構想。為預測此模組的結構,美國的 Berg 到已知結構的蛋白質中觀察是否 Cys-X2-CysH-X3-H 有特定的結構。結果 Berg 發現,在 thermolysin 中有 His-X3-His 的序列,而 His 出現在α-螺旋結構。在 rubredoxin 中有 Cys-X2-Cys 的序列,雖然與 Cys 配位的金屬離子是 Fe,可是這 Cys-X2-Cys 之結構卻與 aspartate transcarbamoylase 中的 Cys-X2-Cys 的結構相同的β-鏈結構。

範例


請自蛋白質結構資料庫中尋找
thermolysin 的座標檔,再以 WebLab viewer 顯示重要區域。其中金屬離子部份用 CPK 表示,His 部份用 ball and stick 表示,而α-螺旋的部份用 line 表示。



習題



請你自蛋白質結構資料庫中找出
Dauter 等人在 1991 年所發表之 rubredoxin 的座標檔,再利用 WebLab Viewer 以絲帶形狀顯示此對反平行的 β-鏈,並以 Space filling (CPK) 形式顯示鐵離子,再以 ball and stick 之方式顯示兩個 Cys,此蛋白質之其他部份則不要顯示出來。請在你的網頁上簡述方法,並將繪好圖後請將其分別存為 msvgif 檔,連上網頁。(結果將在考試後公佈)

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Last updated on 11/23/01