GCG程式: DotPlot (請參照 Compare)

DotPlot 是一個繪製點矩陣的軟體,不但可配合 Compare 程式使用,亦可和 FoldRNA 等程式配合,以點矩陣的形式表現 RNA 二級結構。因為這是一個繪圖程式,所以應仿照錯誤! 找不到參照來源。(第*頁)設定圖形工作環境,在給定了輸入檔名之後,程式會在瑩幕上列出得到這些數據的一些計算條件,讓你確定這是否是你要畫的圖,此外程式會自動計算出將這些點畫在一頁上的點密度,如果你想看到更大或更小的圖,可將密度改小或改大。若你更改了點的密度,程式會告訴你會畫出幾頁,並讓你有一個選擇更改點密度的機會--選取 D。如果你開錯了檔案,可選取 G,以便重取另一檔案。若你決定開始繪圖,就選取 P

範例 -2 以 DotPlot 程式將 Compare 程式的結果繪成點矩陣

%dotplot
DotPlot makes a dot-plot with the output file from
Compare,
FoldRNA, or StemLoop.
Process set to plot with VT340 attached to term
using the regd graphic interface.
DOTPLOT what point file ? tf3a.pnt
tf3a.pnt contains COMPARE results of
Axis Name Check Start End Dir
Horizontal tf3a.pro 8531 1 344 for
Vertical tf3a.pro 8531 1 344 for
Window . . . . . . . . . 30
Stringency . . . . . . . 11.0
Number of points . . . . 4,727
Percent of possible . . 3.995
The minimum density for a one-page plot is
393.2 bases/100 platen units on each axis.
What point density would you like (* 393.18 *) ?
DOTPLOT will take 1 pages. Would you like to:
P)lot the points
D)ifferent density
G)et another point file to plot
Q)uit
Please select one (* P *):
When your VT340 attached to tty is ready, press <Return>
-----
Please select one (* P *):Q

 

* 不同 Window size strigency 對點矩陣表示法的效應請參照參數設定

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Last updated on 11/23/01