範例
在表?中，前四項的期望值都是零，事實上也們所代表的是不同生物的 TFⅢA 蛋白質。可是自第五個項目開始則 z-score 降低甚多。若觀察並列分析的結果(圖?)，則發現相同的序列僅 37%，可是它們都發生在重要的位置。如粗體字部份所示，許多相同的胺基酸都是鋅指中的守舊胺基酸。這個結果顯示 FastA 除了有能力找到廣域的相似性外，也有能力找到模組樣式，事實上這是尋找新的模組樣式的一個很好的起點，這在高級課程中將有進一步的解說。
FastA 的作者已將程式的性能調到很好的狀態，因此也沒有給使用者太多的調整空間，一般的使用者事實上也沒有必要多作調整。對使用者而言，真正重要的是解其性能，不要做超出它能力之外的事。例如 FastA 在做對照表時，不會將 B, Z, X 等具有疑意的符號轉換為多個可能的胺基酸，它只把這些符號當作多出的胺基酸。換言之，在對照表比較中， X 只會與 X 配對，而不會與其他胺基酸配對。使用者若不瞭解此特性，就可能誤失可能有的相似序列。
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Last updated on 11/23/01