GCG 程式: Reformat

因此由其它程式所產生的序列，必須在執行之前用 Reformat 程式先計算，並紀錄「checksum」。

範例 利用 reformat 程式將「pep1」檔案改變為 GCG 的序列格式，並將輸出檔叫做「pep1.pro」。

第一種方法:
%reformat (第一步)
Reformat rewrites sequence file(s), scoring matrix file(s), or enzyme
data file(s) so that they can be read by GCG programs.
REFORMAT what sequence file(s) ? pep1
No ".." divider pep1 length: 6 aa
%mv pep1 pep1.pro (第二步)第二種方法
%reformat pep1 pep1.pro
-----
pep1.pro length: 6 aa

如範例中所述，使用 reformat 這程式時，只要輸入檔案名稱，程式就會將「checksum」存入原檔案中(如下圖)。若希望產生一新檔案，可仿照上述範例，在指令行依序寫出輸入與輸出檔名，這樣程式就會將「checksum 」存入新的檔案中而不更動舊檔。

圖 Reformat 後的 pepl 檔案格式

%more pep1.pro
!!AA_SEQUENCE 1.0
REFORMAT of: pep1 check: 1553 from: 1 to: 6 January 1, 1997 14:31

(No documentation)

pep1.pro Length: 6 January 1, 1997 14:32 Type: P Check: 1553 ..

1 FHNIKI

　

在圖中的倒數第二行末端寫出「Check：1553..」，其中 1553 就是算出的 checksum，其後的兩點之前的字都是說明，因此程式會到這兩點之後去尋找序列。

另一種產生符合 GCG 格式的序列的方法是使用 GCG 所提供的序列編輯器 SeqED。

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Last updated on 11/23/01