結果分析 - 反轉譯 (BackTranslate)

密碼表下一行數字的意義

在反轉譯出來的檔案中,可見到一些 ATGC 之外的英文字母,例如在 pep1b.dna 中,在密碼表下一行的數字 (492479....) ,是將這個胺基酸與下三個胺基酸中最常出現的密碼所佔的比例乘起來,在乘以 1000。以 Phe 下的 492 為例,是0.76(UUC) ×0.83(CAC) ×0.94(AAC) ×0.83(AUC) ×1000的結果。這數值越大就代表在下 12 個核甘酸中,越可能出現常見的密碼。因此有助於我們選擇探針或設計引子。此外、在pep1b.dna中可看到 H,這些字母是代表一個以上的鹼基所用的。

使用 IUB 代碼(code) 表示反轉譯的序列的問題:

例如停止密碼(codon),或像 ser 這樣有六個同義密碼的氨基酸,無法用三個代碼來代表一個氨基酸的密碼。pep1b.dna序列而言,Ile 剛好可用 ATH 表示,其中 H 代表 AGT。以 ser 為例,其密碼是 TCNAGY,如果只准用三個代碼表示就被迫要用 WSN,這樣可能有一些不屬於 ser 的密碼也被當成 ser 的密碼,因此在設計引子或探針時要特別注意反轉譯結果的解釋。

[ GCG程式 | 參數設定 | 程式類別 | 個案分析 | 標準分析 ]

範例 3. 使用 xenopus_laevis.cod 反轉譯 pep1.pro 的結果 (pep1x.dna)

Last updated on 11/23/01