因為我們不知道蛋白質的結構，所以GCG的Moment程式，計算出以所有不同方式重覆出現的結構(例如a -螺旋或b -折曲平面等)的疏水性矩，繪於圖中(圖 1)。此圖縱軸為單元重覆出現的角度(例如a -螺旋約為100度，b -折曲平面約為160度)，橫軸則為序列的位置，等高線表示疏水性矩的大小。
用Moment程式繪出orf22的疏水性矩，發現在100度左右可看到在20-35與119-134的區域有等高線穿過。若用螺旋輪分析，可看到有很好的兩性α-螺旋，而其他區域，例如80-95則是疏水性與親水性胺基酸混雜。其中119-134的區域，更被CoilScan程式判定為有形成coiled coil的潛力，這與實驗上顯示NusB會與S10形成雙体而接合在BoxA的序列上不謀而合。雖然根據TBLASTN的結果，E.coli的NusB與orf22僅有37%的相同胺基酸，卻可由上述資訊判定這是一個與NusB有親緣關係，也可能有同樣功能的蛋白質。
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| 圖1 疏水性矩程式輸出的判讀 |
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Last updated on 08/30/01