綜合評論: 結構資訊與查詢工具

在做功能分析時,若找到一個重要的蛋白質時,通常需要知道此蛋白質的結構,以瞭解其作用機制,甚至用電腦軟體設計可能和此蛋白質結合,而影響其功能的小分子。因此需要查閱資料庫中是否有其結構資訊,若沒有結構資訊,則需檢視要研究的蛋白質是否與已知結構的蛋白質具同源性。如果具有同源性,則可用利用軟體由已知的結構做模擬,來預測所要研究的蛋白質之可能結構。

主要的巨分子結構資料庫有兩個,包括以收集蛋白質結構為主的 PDB (Protein Data Bank),和以收集核酸結構為主的 NDB (The Nucleie Acid DataBase)PDB 除了收錄蛋白質結構外,亦有核酸結構與少數分子模擬之結構。NDB 中大部份的結構均來自於 PDB,因此多具有 PDB 的代碼,只有少數核酸結構是直接存入 NDB,而無 PDB 代碼。此外在美國生物技術資料中心的 MMDB (Molecular Modeling DataBase),是用其自己的方式整理 PDB 的資料,因此查詢MMDBPDB會得到同樣的資訊。查詢這兩個資料庫所用的工具不同,查詢前 者是用Entrez,而查詢後者是使用3DB Browser。在Entrez 的查詢結果中,不但可連到 MMDB,更可連到序列與文獻的資訊;3DB Browser 雖然也做的不錯,卻不如 Entrez 好用。不過目前清大有 PDB 的鏡相站,因此查詢 PDB 的速度快於查詢 MMDB

MMDB 中除了可以將結構下載成為 Cn3DMAGEPDB 等三種格式外,更可連到相關的序列或結構,這是 PDB 檔案中沒有的連接。相關的序列雖然很容易找,可是結構上的相似性,卻不好找。在 MMDB 中是利用向量並列分析 (Vector alignment) 的方法做的,其結果比序列上的相似性更容易推斷蛋白質間的同源性。

Last updated on 08/30/01