簡介 - GCG vs EMBOSS

使用者介面 

支援 GCG 套組 Web 使用者介面有 SeqWebW2H 使用者介面(見圖二)是由英國 HGMP 開發完成,最初是設計用來執行 GCG 套組程式的,4.0版後開始支援 EMBOSS 套組,但是目前針對 EMBOSS 套組的支援似乎比較差一些。目前許多針對 EMBOSS 套組設計 Web 使用者介面中,Pise是較為完整並廣受推薦的介面,因此在陽明生資中心(EMBOSS首頁 : http://ym151140.ym.edu.tw)與高速電腦中心(EMBOSS首頁 : http://saturn.nchc.gov.tw:9091/Pise/)都是使用此介面提供 EMBOSS 服務。

 

圖一

圖二

GCG套組方面有Seqlab,而EMBOSS套組方面有SPIN

emmu

 

檔案格式的差異

分析程式只支援GCGMSF以及RSF檔案格式。

程式可自動辨認,並使用多種檔案格式,可用來作為輸入及輸出的格式主要有-- ABI trace file format, ACeDB format, ClustalW ALN (multiple alignment) format, EMBL entry format, FASTA format, GENBANK entry format, NBRF (PIR) format, PHYLIP interleaved multiple alignment format, SWISSPROT entry format, Plain text等(詳見 http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/Usa/formats.html)。

使用EMBOSS時,每一個檔案中可含一或多條序列,並不像在GCG中,一個檔案只能有一條序列,程式預設值是將所有的序列寫入一個檔案中,若想將序列分別寫入個別檔案,則要在命令列中加入-ossingle參數即可。

 

GCGEMBOSS套組程式對應表

請參照 http://www.no.embnet.org/Programs/SAL/EMBOSS/fromGCG.php3

 

What EMBOSS does NOT do

 

What EMBOSS does do

 

比較GCGEMBOSS

 
  GCG EMBOSS
可分析序列上限 35K 2G
source code 免費下載
X-windows圖形介面 發展中
Telnet
網頁介面
版本更新速度
支援多序列檔
支援檔案格式 GCG、MSF以及RSF ABI trace file format, ACeDB format, ClustalW ALN (multiple alignment) format, EMBL entry format, FASTA format, GENBANK entry format, NBRF (PIR) format, PHYLIP interleaved multiple alignment format, SWISSPROT entry format, Plain text