Swiss PDB-viewer

Swiss-PDB Viewer 是一個設計用來做 Homology modeling 的工具，因此它不但可自動利用序列的相似性，將數個結構重疊顯示，也能用人工編輯序列並列分析的結果。再將模板結構與並列分析之結果一起送到 Swiss-Model 執行 optimise 模式的結構預測。為了方便使用者以互動的方式觀察結構，該程式不但可自動偵測並選擇 α-螺旋或 β-鏈等結構，更能以 Ramachandran plot 顯示每個胺基酸的構形。此外，亦能輕易旋轉指定的化學鍵，或刪除取代胺基酸。在顯示方面，它不像 WebLab viewer 那樣好用，但是它是一個利用親緣關係預測蛋白質結構的好工具，配合上 Swiss-Model 功能並不輸給昂貴的 Insight II 與 Homology，但在分子動力學的計算上遠不如 MSI 所提供的 Discover。

安裝 Swiss PDB-viewer 以及相關程式

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• 閱讀安裝指南
• Win 95/98，Win NT 版可由課程網頁，下載下列 5 個檔案 (Mac 版請連到 ExPASy)
  • QuickTime - "k7Pqot6Pn5k.exe" (Quick Time 3.0， 7 MB)
  • SwissPDBviewer program - "spdbv30.zip" (0.4 MB)
  • Loop database - "loopdb.zip" (2.4 MB)
  • Manual - "manual.zip" (0.44 MB); 自修用練習安裝在國內，很容易下載
  • POV ray - "povwin3.exe" (3.6 MB)

使用者手冊

• 手冊
• 索引
• 自修用練習

利用 Swiss PDB-viewer 做 Structure alignment

• Fit molecules(auto)
• Improve fit
• Magic fit
• Iterative magic fit
• Generate structure alignment

使用 Swiss Model - "Optimise mode"

• 必需使用 SwissPDBviewer 來使用。
• Import modeling sequence
• Select template (ExPDB database)
• Download template structure file
• Open template file
• Magic fit (sequence and structure alignment， HCR assignment)
• Submit "Optimal mode" job (energy minimization)
• Display modeling structure

劉玉凡 著， 楊永正修訂 (仍待加強)

Last updated on 08/30/01