BioCarta — Charting Pathways of Life

 楊士德

        “Carta”中文意思是地圖(map)或圖形(chart)”,因此”BioCarta”這名詞從字面上可以瞭解其用圖形的觀點來描述生物相關知識,而形成生物學家所熟悉生化調控路徑(biochemical pathways)。在各種生物基因體序列陸續解碼後,功能性基因體學(functional genomics)扮演著相當重要的角色,因為有了完整的核酸序列資訊就可利用生物資訊學的工具與方法,快速找到已知或預測性的基因,然後直接取用這序列資訊就可做各種分子生物及生物化學實驗,將這些基因的功能找出來。然而,一個生物體的表現型態(phenotype)是經由一群特定基因或蛋白質透過複雜交互作用,結合時序及空間的變化共同完成的。如單靠每一個基因或蛋白質在特定功能上的研究,是無法掌握細胞內整體基因或蛋白質系統化作用的因果關係。

         BioCarta雖是商業公司專賣實驗所需的反應試劑,可是他卻免費提供繪製生化調控路徑(biochemical pathways)的套裝軟體給生物學家,這些研究者依照他們所鑽研的領域,繪製出屬於他們研究上知識彙整的調控路徑(pathways),透過BioCarta網際網路服務(ePOSTERS & My BIOCARTA)加入會員,生物學家就可擁有自己繪製調控路徑的作品,更值得一提是在調控路徑上的每一個基因或蛋白質的命名都依照HUGO組織的標準規定,然後發表到BioCarta網站上並屬上自己的名字,供全世界研究相關領域的人可以分享其研究成果或知識。截至目前為止,BioCarta已收集各物種共大約120,000基因及136個調控路徑,資訊持續增加中,如此豐富的資訊,特別是訊息傳遞路徑(signal transduction pathways),堪稱世界屬一屬二的生化調控路徑資料庫。

        此外,美國國家癌症研究機構(National Cancer Institute簡稱NCI)中有個CGAP(The Cancer Genome Project)也全部收錄了BioCarta所有基因及生化調控路徑資料到本地端資料庫(local database),提供廣泛研究癌症的學者更多相關資訊。另外在SWISS-PROTExPASy有一個酵素命名系統資料庫(Enzyme nomenclature database)亦把BioCarta網站納入其相關連結的資訊。因此,有越來越多的生物資訊資料漸漸注意到BioCarta所提供的生化調控路徑資料庫。

last updated on 11/27/01