微陣列主要可分為寡核苷酸(oligonucleotide)陣列與互補DNA(cDNA)陣列兩大類。前者又可分為兩種，一種是利用光罩的技術，直接在支持物上的不同位置合成不同的探針，例如Affymetrix公司是合成大約18個核苷酸的寡核苷酸片段為探針。因為短的寡核苷酸不易吸附在支持物上，另一種形式的寡核苷酸陣列是合成大約70個核苷酸或更長的寡核苷酸片段，直接點在支持物上。例如Compugen公司就提供這方面的服務。至於cDNA陣列，多是以IMAGE所提供的cDNA殖株(clone)中所插入的cDNA片段為探針。這種方法因為製作簡單，所以使用的相當普遍。例如CloneTech公司或國內的百恩諾公司就提供這方面的微陣列。
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