參數設定: PAM 矩陣

PAM 矩陣的例子

PAM 矩陣的製作

若任一次的突變與這位置過去的歷史無關,則胺基酸被置換為其它胺基酸的機率,可用突變一次之機率的矩陣連續自乘表示。在經過 nPAM 單位後的突變機率矩陣,就是 PAM -1 機率矩陣自乘 n 次。上述會影響靈敏度的第二個係數 "Number of PAM's",是指在使用 PAM 為相似性矩陣的情形下,要以多少個 PAM 單位來求相似性矩陣的意思。

為了估計 PAM -1 矩陣的數值,必須找非常相似的蛋白質(差異在 15% 以下)來估計不同形式胺基酸置換的機率。通常都選取差異在 15% 以下的序列作比較,否則就可能在 100 個胺基酸中發生多次突變。由此可見,因為建立相似性矩陣的模型不同,選取序列的方式也不一樣。隨著資料庫不斷增大,資料庫取樣的偏差(例如在過去可溶性蛋白質明顯地偏高)會逐漸改善,所求得的 PAM -1 矩陣也更具代表性。

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Last updated on 11/23/01