在 EMBOSS
環境下寫模組樣式(pattern)
的規則
- 胺基酸用一個字母的標準代碼(one-letter
code) 表示。
- X
是代表任意的胺基酸。
- 胺基酸後若有小括號,則代表此胺基酸重覆的次數。一般而言,小括號中有兩個數字以逗點隔開,以表示一個範圍的起點與終點,例如
CX(2,4)表示在
Cys 後有 2
至 4
個任意的胺基酸。若小括號中只有一個數字,則表示重複的次數。
- 胺基酸若出現在中括號裡,如[ALT]則代表為Ala
或 Leu
或 Thr。
- 胺基酸若出現在大括號裡,如{AM}則代表為除了
Ala 及 Met 以外的胺基酸。
- 若想表示模組樣式出現在N- 或
C-terminal ,則分別以 `<'
以及 `>' 代表之。
以 [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
為例,寫出的模組樣式表示在兩個 Asps
或 Glus 後是 His
以及 Ser,然後再接一個非
Pro 的胺基酸;一個
Pro
緊接在兩個任意胺基酸後;最後是在二到四個任意胺基酸後接著一個
Cys。
Last updated on 11/25/01