EMBOSS 環境下寫模組樣式(pattern) 的規則

  1. 胺基酸用一個字母的標準代碼(one-letter code) 表示。
  2. X 是代表任意的胺基酸。
  3. 胺基酸後若有小括號,則代表此胺基酸重覆的次數。一般而言,小括號中有兩個數字以逗點隔開,以表示一個範圍的起點與終點,例如 CX(24)表示在 Cys 後有 24 個任意的胺基酸。若小括號中只有一個數字,則表示重複的次數
  4. 胺基酸若出現在中括號,如[ALT]則代表為AlaLeuThr
  5. 胺基酸若出現在大括號,如{AM}則代表為除了 Ala Met 以外的胺基酸
  6. 若想表示模組樣式出現在N- C-terminal ,則分別以 `<' 以及 `>' 代表之

[DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C 為例,寫出的模組樣式表示在兩個 AspsGlus 後是 His 以及 Ser,然後再接一個非 Pro 的胺基酸;一個 Pro 緊接在兩個任意胺基酸後;最後是在二到四個任意胺基酸後接著一個 Cys

 

Last updated on 11/25/01