GCG 程式提供 xnu 可將短的重覆序列改為 X，也提供 seg 將低複雜性的序列改為 X。圖1 中列出 GCG 線上輔助系統上的一個例子，是將一經過濾的序列與原序列並列在一起，其中 X 是被濾掉的區域，因此可看出哪一類型的序列會被除去。在 Blast 程式中可使用 x-filter 與 s-filter 兩個濾器，分別除去重覆序列與低複雜性的序列。
圖1 使用 GCG 程式中的過濾器除去低複雜性的或重覆性的序列的意義。
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Last updated on 11/26/01