標準分析 - 電腦上的基因剪接

在做選殖工作時,常需要限制酵素切割圖譜輔助實驗設計。若載體與要研究的基因的序列都被決定出來了,則可先用 SRS 由資料庫中找到序列,再用 ExtractSeq 程式與 MergerPasteSeq 程式在電腦上剪接出新的序列。一旦有了序列就可利用「圖譜分析」下的 ReMap 程式,在核酸序列上顯示切割位置與蛋白質序列,或是用 LinDNA 繪出線狀的切割圖譜。可用 CirDNA 程式,繪出質體的圓形圖譜。這一系列的工作在學會使用 EMBOSS 的技巧後應可自行操作,此外,在習題組解答中有操作步驟,可在陽明的 FTP 伺服器上取得。

 

尋找限制酵素切割位置

為了確定搜尋出來的序列上之酵素切割位置,在 EMBOSS 環境下使用下列程式 ReMap:

若是用者只想找特定的切割位置,請以 HincII, ppiII, hindiii 模式取代 Comma separated enzyme list 欄位中的 all亦可參考其他類似程式,選擇自己喜歡的程式輸出結果。

輸出結果如下:

 

序列的剪接

EMBOSS 的環境下,ExtractSeq, Merger PasteSeq 是一系列用來做剪接序列的程式,利用 ExtractSeq 可從一特定序列中根據位置來取出使用者所需的序列片段,而 Merger 可將兩條有重疊的序列合併為一條序列,若遇到要將一序列插到另一序列中的特定位置(如上述的限制酶切割位置),則可以利用 PasteSeq 來達到目的。

 

圖譜的繪製

輸入格式如下:

              

輸出結果如下:

             

 

輸入格式如下:

輸入格式與 LinDNA 相同。 

              

 

輸出結果如下:

              

 

 

Last updated on 11/27/01