顯示巨分子模型

顯示的工具

顯示模型的軟體有許多種,而且在網路上均可輕易取得,例如 MAGE Rasmol Cn3D Weblab Viewer PDB viewer 其中除了 MAGE 外,都可直接讀取 PDB的格式

MAGE

MAGE 所讀的格式是由 Prekin 程式所產生的 kinemage 檔案。它是以向量形式表示化學鍵,而不像 PDB 是表示原子的座標,再由程式重建化學鏈,而不像 PDB 是表示原子的座標,再由程式重建化學鍵,因此 MAGE 適合用來動態展示一連串已經準備好的圖檔(kinetic images?)Protein Science 雜誌要求投稿者以此方式表示文中所展示的模型,因此在該雜誌的網站上可找到文獻中所顯示的圖。因為 kinemage 是以向量方式表示,因此圖形可以在一般的個人電腦上迅速旋轉,放大,縮小,又可動態呈現巨分子構形的變化,有助於學習。也因為它是以向量形式表示,所以無法以 space-filling 模型顯示,這在呈現特殊的特別的概念時,是很不方便的。

Weblab

Weblab viewer MSI 公司所發展的一個免費軟體。若希望能建分子模型,則需購買另一部份。在顯示的部份,它使用選單方式修改各原子的呈現方式,非常容易學,而且產生圖形之品質與 Rasmol 相當。對一個已會使用 Rasmol 的人,或許不會覺得 Weblab viewer 有什麼特別。可是對一個完全不知如何使用這類顯示軟體的人而言,將可在短時間內學會如何顯示一個分子的重要部份,因此在本課程中推薦初學者使用 Weblab viewer

顯示的方法

計劃說明

英國 MRC 研究群發現 TFIIIA 蛋白質序列中有多個以一定距離重覆出現的 Cys His,因此他們提出了鋅指模組的構想。為預測此模組的結構,美國的 Berg 到已知結構的蛋白質中觀察是否 Cys -X2 -Cys H -X3 -H 有特定的結構。結果 Berg 發現,在thermolysin 中有 His -X3 -His 的序列,而 His 出現在α-螺旋結構。在 rubredoxin 中有 Cys -X2 -Cys 的序列,雖然與 Cys 配位的金屬離子是 Fe,可是這 Cys -X2 -Cys 之結構卻與 aspartate transcarbamoylase 中的 Cys -X2 -Cys 的結構相同的 β-鏈結構。

範例

請自蛋白質結構資料庫中尋找 thermolysin 座標檔,再以 WebLab viewer 顯示重要區域。其中金屬離子部份用 CPK 表示,His 部份用 ball and stick 表示,而 α-螺旋的部份用 line 表示。

習題

請你自蛋白質結構資料庫中找出 Dauter 等人在 1991 年所發表之 rubredoxin 的座標檔,再利用 WebLab Viewer 以絲帶形狀顯示此對反平行的 β-鏈,並以 Space filling (CPK) 形式顯示鐵離子,再以 ball and stick 之方式顯示兩個 Cys,此蛋白質之其他部份則不要顯示出來。請在你的網頁上簡述方法,並將繪好圖後請將其分別存為 msv gif 檔,連上網頁。(結果將在考試後公佈)

Last updated on 08/29/01