以同源性類比法預測蛋白質結構: Swiss-Model

雖然在 MSI 的軟體套組中有 Homology 模組,在公用軟體部份有 Modeller,可讓使用者有更多調控模型預測的機會,但也需更多經驗在此以網路上的資源為例,讓使用者體會模型可以增加想像空間的感覺,也借用此例顯示簡單的方法,通常不易得到正確的解答。

需用檔案

  1. 純文字、GCG FASTA 格式的蛋白質序列

需用程式

  1. http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

方法步驟

  1. 首先利用 Netscape IE 等瀏覽器,連結到 Swiss Model 的首頁。這是一個可以利用與已知蛋白質序列相似性比較的方法,以自動化的方式建立未知蛋白質結構的伺服器。
  2. 選擇「First Approach mode」的選項(圖1),依照伺服器要求的輸入格式,輸入 Email、使用者的姓名、此次搜尋的標題
  3. 輸入要建立模型的蛋白質序列,例如前述用來作鋅指模型的 31 個胺基酸的序列(圖2)
1 Swiss Model 提供四種預測模型的模式

2 First Approach Mode 中貼入序列的部分

  1. 按下「Send Request」之後,伺服器就會以 Email 的方式將結果寄回來。
  2. 10 分鐘(依主機忙碌狀況而定)後,檢查電子郵件,應收到傳回 "Welcome", "TraceLog", "Model" 等三封信
  3. 檢視紀錄作模型過程的TraceLog
  4. Model中所存的分子座標檔存為pdb為副檔名的文字檔,再以 WebLabViewer 檢視此一分子模型First Approach Mode 所做出之模型(圖3)中,兩個 Cys 形成雙硫鍵是錯誤的由此可知必須有人為的控制,才可能得到理想的結果。
3 First Approach Mode 所做出之模型。請注意兩個 Cys 形成雙硫鍵是錯誤的。
 
註解討論
  1. Homology」與「Similarity」有何不同?
  2. 什麼是同源性類比法之理論基礎?
 

Last updated on 11/27/01