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進入 MAGE 後會看到三個視窗。Text視窗會顯示這一個檔案中有哪幾個 kinemages,每個 kinemage 之大概內容等文字敘述。Graphics視窗是顯示分子結構之處,使用者可自行旋轉、移動、放大、縮小分子,以便看的更清楚。同一個 kinemage 可能設有不同的 view,將分子轉到預定之角度,顯示分子的特徵。所謂的動態展示 (animation),---

使用者亦可將自己之觀察方式設定為user's view,並將此 view存檔。「Caption」視窗是針對每個 kinemage,所寫的一段簡述,教你如何看這一個 kinemage

分子的旋轉

假設螢幕上有一「十字」代表 XY 軸,而 Z 軸則垂直於此平面而突出螢幕之外。在螢幕的上 1/3 與下 2/3 拖拉 (drog) 滑鼠時,會分別將分子繞 Z 軸與繞 XY 軸旋轉。當分子很大時,旋轉會比較費時,此時可用「Display」選單下的「thin line」選項,將分子用較細的線顯示。此時旋轉後重新顯示分子的速度會比較快。

放大與縮小

連續變焦 (zoom) 是由螢幕右側的三個長條狀調整紐中的第一個控制的,向上移會使分子縮小,向下移會使分子放大

軸厚度與位置

在顯示分子時,為控制景深,所以設立 ZSLAB 表示只能在這一定厚度的薄片 (slab) 中才能看到分子。若分子超出薄片外,則不被顯示。而此薄片在 Z 軸上的位置,可用 ZTRAN 調整。

若想知道某一位置是哪一個胺基酸上的哪一個原子,可直接按滑鼠左鍵,此時游標所指的原子之資訊,會出現在螢幕左下方。如下圖所示,n ala 286表示第 286 個胺基酸是 AlaN 代表氮原子; 若為 Ca,則代表 C α ; 若為 C,則代表 Caboxyl 碳。

分子可選擇的顯示方式是受限於製作 kinemage時的設定。所有可以產生的顯示方式都由Graphics視窗右側的…來控制。一般可用checkbox 來控制是否顯示Cα原子或是一整個次單元。若有動態顯示,亦會在此有一按鈕,啟動不同的 view 間切換。
   

Last updated on 12/01/02