指定顯示方式

需用檔案

  1. Brookhaven (pdb) 格式的thermolysin 檔案,1LND

需用程式

  1. WebLab viewer

方法步驟

  1. 在「Window」選單下,開啟一個「new hirearchy window」,螢幕上會出現類似圖1 之畫面 (thermolysin.pdb: 2)

    1 Hirearchy window。若以滑鼠按前面有負號的「E」,則其下所有的原子都會被選上(黃色區域),同時在右側視窗會列出被選之原子之性質。若按方塊中的「負號」,則會將其下所列各項收起來,而在方塊中出現「正號」。

  2. 選擇視窗中第一個「E」,然後在「View」下選擇「Display Style」,此時會出現如圖 33之視窗。在「Atom」標籤下,將顯示方式改為「off」,即不顯示任何原子。

    2 選擇整個蛋白質時才會看見LabelProtein這兩個標籤。各種顯示方式的說明詳見 http://dls.ym.edu.tw/post/

  3. 在被選擇之黃色區域中,重新點選 135-150 (先選 135,按住「shift」鍵後再點選 150 ),這 15 個胺基酸具α-螺旋的結構,將顯示方式改為「Line」。
  4. 在被選擇之黃色區域中,重新點選 142 146 這兩個 His (先選142,按住「ctrl」鍵後再點選146)。將顯示方式改為「ball and stick」。
  5. 點選圖 32中之 ZN8800,並將其顯示方式改為「CPK
  6. 在「Window」選單下選取thermolysine.pdb:1,跳回原視窗,才能看到改變後的結果(如圖 31所示)

註解討論

  1. 蛋白質與核酸等巨分子的顯示方法,與原子的顯示方法有何差異?