做六個讀架轉譯的缺點:分析困難

TFIIIA 的蛋白質搜尋轉譯的 DNA 資料庫時(使用 tblastn),EST aa033782 TFIIIA 的蛋白質會同時在 +1 +2兩個不同的讀架上有相似的區域,而這兩個區域也不重疊 (圖1)。

1 EST aa033782TFIIIA 蛋白質比對之示意圖(連接到並列分析結果)

這是因為在 EST 序列上有一個插入的鹼基 (圖2),使讀架移動造成的。用人工來尋找插入或刪除的序列是非常困難的,好在 GCG 套組中有一 FrameAlign 程式,可將核酸序列與蛋白質序列做並列分析。因此,在做完TFastATBlastN的分析後,可將在不同讀架上有鄰近相似區的序列取出,對查詢序列做 FrameAlign 的分析。

The frame change is caused by an insertion in the EST sequence

2EST 序列上插入的鹼基,使讀架移動造成在 +1 +2兩個讀架上有不重疊的相似的區域 (連接到並列分析結果)

Suggest to use framesearch & framealign

Last updated on 11/23/01