序列組合

GCG 套組所提供的序列組合系統,包含了一群功能相關的程式,可以藉由序列之間的重疊區域,將片段序列組合為連續的接合序列 (contig)。它適合用來處理小規模的定序計劃,或是由 EST 序列組基因的全序列。

remove vector sequence

不論由基因體(genomic DNA)cDNA 基因庫中選殖出一段基因後,第一步工作就是決定其完整序列。此時需要「片段組合」(fragment assembly) 的相關程式來組合 DNA 的序列,首先用 GelStart 程式為一個序列分析計劃建一個資料庫,以便管理組合的過程中產生的所有檔案。在開始分析時,用 GelEnter DNA 片段的序列輸入,並給這序列一個名字。GelMerge 程式會尋找數個序列中互相重疊(overlap) 的部份;一旦找到這些重疊的區域,程式就會自動將有重疊的序列片段接成 contig,連接後可利用 GelView 顯示片段連接的方式。此外在資料庫中會紀錄所有序列連接過程,若覺得程式的連接有誤,可用 GelAssemble 自行編輯已組合的序列,或是用 GelDisassemble 將其打散,再重新分析。

如何處理序列分析儀所產生的序列

Exercise: Please get the vector sequence and raw data of DNA sequence analysis back. Remove the vector sequence and then assemble the sequence fragment. (Note that all the sequences are in IG suite format). After you completed the exercise, you can get the answr yourself.

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Last updated on 11/23/01