多序列並列分析

由雙序列並列分析的討論中,可以知道 dynamic programming 可以找到最佳的並列方式。若在三維,甚至高維空間中做 dynamic programming,在理論上可以找到多序列的最佳並列方式。因為嚴謹地並列分析會佔用非常大的記憶體空間,並且非常耗時。在實際上此法速度太慢,所以一般是採用漸近式的雙序列並列分析來做,以增加程式運作的效率。例如----在 GCG 中的 PileUp 用一種在建立親緣樹時,最簡單的運算法UPGMA (unweighted pair-group method using arithematic averages)

假設我們想找出與 5S rRNA 有關的所有序列,以便經由多序列並列分析找到守舊的區域。只靠關鍵字的搜尋是不夠的,較好的實驗設計是先找到一個典型的 5S rRNA 序列,再找出在資料庫中所有和它相似的序列,這種方法乃是利用 similarity search 來收集序列的例子

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注意事項

Examples

Last updated on 11/27/01