親緣分析

在找出所有相關序列後,可進一步分析這些序列間的親緣關係。雖然在執行 PileUp 時,可利用 Figure 程式繪出一張類似親緣關係樹的圖,可是這並不是一個親緣分析。它只繪出在並列分析時,序列比對的次序而已。在「演化分析」下有四個程式,它雖然不像 phylip...等程式這樣廣被使用,可是內部的運算原理與上述程式並無差異。使用這四個程式的好處是它們是 GCG 套組的一部份,所以做完多序列並列分析後可直接做演化分析,而不必考慮檔案格式互換的問題。

其中 Distances 是計算親緣遠近的主要工具,使用者必須瞭解親緣分析的理論,才知道如何選用 Distances 中不同的計算方法。GCG 中的 GrowTree 則可將 Distances 的輸出結果繪成親緣樹,另一個 Diverge 程式是根據李文雄博士的方法計算核酸序列的同義(synonymous) 與非同義(nonsynonymous) 轉譯密碼的置換數,以便由置換頻率推斷親緣關係的遠近,這是目前認為較嚴謹的方法。

 

Programs

GCG(derived from PAUP)

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Last updated on 11/27/01