重覆序列

重覆序列的種類

• 重覆頻率分
  • Interspersed repeats
    • Short interspersed element (SINE), such as Alu, < 300 bp
    • Long interspersed element (LINE), ca. 5 kb
  • Tandem repeats
    • Satellite DNA
    • Minisat. & Variable number of tandem repeats (VNTR)
    • Microsat.: mono-, di-, tri-, tetra-nucleotide repeats
• 重覆方向分
  • 同向重覆序列
  • 反向重覆序列

重覆序列的意義

• 語言學的類比 (上課程投影片)
• 模組樣式 (例如: 錄因子接合位置,蛋白質模組)
• DNA 複製的引子 (例如: 末端重覆序列)
• Junk DNA (例如: 轉置子)

尋找重覆序列的方法

去除序列的方法(repeat masking)

在實際作法上，可利用「比較」下的 Compare 與 DotPlot 兩個程式，來尋找同向重覆序列( direct repeat) 的大概位置。此法的好處是在尋找重覆序列時可考慮胺基酸間的相似性，而且圖形的顯示可呈現整個分析區域中各重覆序列的相對位置與大小。

對核酸序列而言，核甘酸間並沒有相似性的問題，因此可直接利用像在「基因尋找模組樣式辨識」下的 Repeat 程式來搜尋重覆序列。它的優點是直接列印出重覆序列與其出現位置，不需要去解讀點矩陣；可是它只會根據你給的條件去搜尋。如果給定的條件太嚴，可能會找不到想要的重覆序列，條件太鬆，又找到太多重覆序列，很難分析。

在尋找反向重覆序列方面則較困難，必須使用「RNA 二級結構分析」下的 StemLoop 程式或 FoldRNA 程式。前者像 Repeat 一樣，若給定的條件不當，可能會找不到序列中存在的反向重覆序列。若使用 FoldRNA 則必須修改其自用數據檔才能達到目的，在進階課程中才會討論尋找反向重覆序列的技巧。

Last updated on 11/27/01