Structural Biology Program
陽明結構生物學程

[ Proteome informatics | Bioinformatics Center | Bioinformatics Program ]

Tools

Structure alignment

• DALI
• FLASH

Docking

• 3D Dock Suite [簡介, Manual] - w/ source code  
• GRAMM

Side-chain prediction

Secondary structure prediction

• PHD
• SOPMA
• nnPredict

Visualization Tools

• ISIS draw (small molecules)
• MAGE (suitable for demonstrating structure in classroom)
• WebLab Viewer (Chinese description)
• RasMol & RasTop( for Microsoft Windows only)
• Cn3D
• Raster3D
• SWISS-PDB Viewer  

Potential structure classification tool

• Potential tools
  • support vector machines (BSVM, LIBSVM)
• A "periodic table" for protein structures - Fully automated
  • Programs & data
  • Reference

Structure-based drug design

• LigBuilder
  根據目標蛋白的結構來尋找可能的結合區域，並可以自動從一個 Ligand 的模型去產生新的分支（例如產生新的基團），動態的進行能量最佳化的計算
• Score
  發展了評估前者計算出的模型的方法

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Last updated on Apr. 20, 2002